Schwerpunkte seiner Arbeit liegen auf dem stationären Gesundheitssektor, auf Fragen zur Reformierung des Gesundheitssystems und auf der Evaluation von Politikmaßnahmen. Unter anderem ist er Autor des Krankenhaus Rating Reports sowie des Pflegeheim Rating Reports.

Boris Augurzky ist Mitglied in der „Regierungskommission für eine moderne und bedarfsgerechte Krankenhausversorgung“ des Bundesministeriums für Gesundheit, im Ausschuss für Gesundheitsökonomie des Vereins für Socialpolitik, des Beirats des Bundesverbands Managed Care (BMC), des Expertenbeirats "Corona-Hilfen" am Bundesministerium für Gesundheit, der Initiative Qualitätsmedizin (IQM) und des wissenschaftlichen Instituts der BARMER sowie Mitglied des Editorial Board „Krankenhaus-Report“ des Wissenschaftlichen Instituts der AOK (WIdO) und des Rates für Gesundheit und Medizinethik des Bistums Essen.